A Balaton tisztasága nemcsak esztétikai kérdés. A tóba kerülő zacskók idővel mikroműanyagokra eshetnek szét, miközben gyógyszermaradványok és más emberi eredetű vegyületek is jelen vannak a vízben.
A Balatonba dobott műanyag zacskó nem egyszerűen eltűnik. A napfény és a mechanikai hatások egyre kisebb darabokra tördelhetik, végül mikroműanyag keletkezhet belőle. Egy balatoni kutatás az 50 mikrométer és 1 milliméter közötti tartományban átlagosan 21 mikroműanyag-részecskét mutatott ki köbméterenként, és a részecskék mintegy 90 százaléka 500 mikrométernél kisebb volt.
A tó tisztításában önkormányzatok, civil szervezetek, vízügyi szereplők és önkéntes közösségek is részt vesznek. A part menti hulladékgyűjtések mellett a megelőzésnek van kiemelt jelentősége, mert a már mikroszkopikus méretűre aprózódott műanyagot rendkívül nehéz eltávolítani.
A műanyag azonban csak az egyik veszélyforrás. A Balatoni Limnológiai Kutatóintézet vizsgálatai gyógyszermaradványokat és más emberi eredetű kémiai szennyezőket is kimutattak. Ezek koncentrációja vegyületenként eltérő, általában néhány tíz nanogramm/liter és 1–2 mikrogramm/liter közötti nagyságrendben mérhető.
Laboratóriumi vizsgálatok szerint a mikroműanyagok és egyes kémiai szennyezők élettani változásokat okozhatnak vízi gerinctelenekben. A védekezés ezért a szennyvíztisztítás fejlesztésére, a tápanyag- és szennyezőanyag-terhelés mérésére, a kutatásra, valamint a hulladék tóba jutásának megelőzésére is épül.